TmBLAST (ブラウザ版)
FASTA をブラウザに読み込み、IUPAC 縮重クエリを展開して Tm ベースで探索します(近似 NN モデル)。
クエリ(プライマーFASTA)
example
または下のテキストに貼り付け
ゲノムFASTA
example
または下のテキストに貼り付け
k
min Tm
min identity %
max expansions
primer conc (nM)
Na (mM)
K (mM)
Tris (mM)
Mg (mM)
dNTPs (mM)
Run TmBLAST
Clear
アライメント概要
NCBI BLAST 風の概要図。各参照エントリを横棒で示し、ヒット位置を色付きバーで表示します(色: クエリID、端の三角: ストランド。+ は右端に右向き、- は左端に左向き)。
RAW 出力
出力:
query_id\texpanded_query\tTm\tcontig\tstart\tend\tstrand\tidentity\tquery_align\tdb_align